ゲノム解析とは

ゲノムとは生物のもつ全ての遺伝情報であり、転写・翻訳されることでタンパク質が作られるため、まさに生物の設計図と言えます。ゲノム解析ではDNAにある遺伝情報を網羅的に解析し、各塩基配列やDNA修飾（メチル化など）を調べます。1塩基置換（SNP：1塩基配列が変化すること）やDNAのメチル化によりタンパク質の機能や発現量が劇的に変化することがあるため、ゲノム解析は注目されています。 当部門では、広範囲のゲノム領域をカバーできる次世代シーケンサーと、特定の範囲をカバーできる汎用型キャピラリーシーケンサーを備えています。

受託解析サービス（岡山大学 ゲノム・プロテオーム解析部門）

当部門では以下の機器を用いた受託解析が可能です。
(1) Applied Biosystems（Thermo Fisher Scientific ）社製、3500 Genetic Analyzer
(2) NANOPORE社製、MinION


◆DNAシーケンサー受託解析【(1)、(2)】
　以下の2種類から選択できます。
　陽極バッファ、陰極バッファ、ポリマー等消耗品はこちらで準備しています。

・シーケンス解析のみの受託解析
　前処理（PCR、エタノール沈殿）を利用者で行っていただきます。
　シーケンサー用セプタ＆プレート（96穴）は利用者負担となります。

・PCRからシーケンス解析までの受託解析
　シーケンサー用セプタ＆プレート（96穴）は利用者負担となります。


◆フラグメント解析【(1)】
　以下の2種類から選択できます。

・フラグメント解析のみの受託解析
　PCR～フラグメント解析前までの作業は利用者で行っていただきます。
　それに伴う試薬、機器利用料、シーケンサー用セプタ＆プレート（96穴）は利用者負担となります。
　受託料金（学外）：140,000円 /最大96サンプル

・PCRからフラグメント解析までの受託解析
　蛍光プライマー、制限酵素、シーケンサー用セプタ＆プレート（96穴）利用者負担となります。
　解析後、余った消耗品は返却いたします。
　受託料金（学外）：180,000円 /最大96サンプル


◆ナノポアシーケンシング解析【(3)】

・フロングルフローセルを用いたベースコール
　調製後のサンプルをゲノム・プロテオーム解析部門へ送付していただきます。


◆学内限定情報（利用料金）については　（こちら）

受託解析サービス（山口大学）

次世代シークエンサーは1ランあたり90GBのシークエンスデータもしくは12億タグ以上のリードを産出することができる新しいシークエンス解析装置です。中国地方バイオネットワークにより、山口大学で次世代シーケンサーの受託解析が開始されました。中国地区 国立大学の教職員は以下のサービスを受けることができます。

解析内容
ヒトゲノムDNAのエクソン領域を次世代シーケンサ SOLiD5500（Applied Biosystems社）で解析します。反応は、4サンプル単位でバーコードラベルを行い、エクソン領域をTargetSeq™ Exome Enrichment Kit（Life Technologies社）で濃縮した後、フラグメントライブラリーで解析します。SOLiDは他の機種に比べSNPなど変異の検出能力に優れています。また、微生物ゲノム解析には、IonTorrent PGMを使用します。データは、CLCBio Genomic workbenchでマッピングし、検出された変異の一覧を添付してお返しします。

納期
ヒトエクソン：2ヶ月、微生物ゲノム：1ヶ月
（データに問題がある場合は無償で再実験しますが、その場合は納期が遅れることがあります）